Рейтинг веб-сайта Rotten Tomatoes показывает, что на основе отзывов 310 критиков фильм получил положительный отклик от 73 % критиков. Средний рейтинг 6,9/10, где говорится: «Амбициозный квази-приквел Ридли Скотта к „Чужой“ может не ответить на все важные вопросы, но его искупает западающее в память визуальное величие и убедительная игра — особенно Майкла Фассбендера в образе привередливого андроида». Сайт Metacritic оценил фильм на 64 баллов из 100 на основе 43 обзоров, что указывает на «в целом благоприятные» отзывы. Опросы CinemaScore показали, что кинозрители поставили фильму среднюю оценку на «B» по шкале от «A» + до «F», в то время как зрители моложе 25 лет дали ему самую высокую оценку «A». Сюжет вызвал неоднозначную реакцию критиков, которые критиковали элементы истории, оставшиеся неразрешёнными или предсказуемыми.

Тодд Маккарти из The Hollywood Reporter назвал визуальные эффекты яркими, ошеломляющими и великолепными, на высоком техническом уровне и похвалил игру Фассбендера, Рапас и Терон, но написал, что фильм «слишком угождает воображаемым ожиданиям аудитории, хотя, немного более смелые идеи могли бы привести его к неожиданным направлениям». Том Хаддлстон из Time Out London писал, что «картинка приятная, а дизайн потрясающий, но сценарий кажется плоским… диалоги ленивыми, а сюжет, хоть, и набит яркими концепциями, но просто не складывается. После приятной постановки центральный акт становится мешковатым, запутанным, и местами немного скучным, в то время, как в кульминации есть запал, но нет реального импульса». Эмануэль Леви написал, что фильм «не только не прямолинейный, но и обещает больше оригинальных идей, провокационных тем, чем может дать». Роджер Эберт дал фильму 4 звезды из 4, назвав его «безупречным сочетанием сюжета, спецэффектов и актёрского состава, снятого в эффектной трёхмерной картинке». Эберт писал, что выступление Рапас «продолжает традицию удивительной женской силы, начатую Сигурни Уивер в „Чужом“, но посчитал, что Идрис Эльба имеет наиболее интересное развитие характера. Эберт посчитал, что сюжет вызывает вопросы, а не отвечает на них, что сделало фильм интригующим и параллельным «классическим традициям научной фантастики золотого века». Позже он назвал его одним из лучших фильмов 2012.

Джонатан Крокер из Total Film написал, что сюжет удачно вписался в мифологию франшизы «Чужой», предлагая при этом свои собственные оригинальные идеи. Лиза Шварцбаум из Entertainment Weekly положительно отзывалась об актёрском составе, особенно Рапас. Эндрю О’Хехир на сайте Salon написал, что фильм был «мрачным, зрелищным и тяжеловесным, но знаменательным и грандиозным… что одновременно великая сила и великая слабость фильма», и раскритиковал персонажей. О’Хехир также отметил работу оператора Вольски и дизайн Макса. Энтони Скотт из New York Times раскритиковал сюжет как слабый и заявил, что поворотные моменты повествования подрывают его «высокий, потрясающий потенциал». Он сказал, что в фильме нет разоблачений, а только «кусочки мгновенно неожиданной информации, лишённые смысла или резонанса», и что Рапас — «прекрасная героиня, уязвимая и решительная».

Критик эстрадного кино Джастин Чанг писал, что «повествовательная структура фильма не способна учесть философские идеи, и что „Прометей“ лениво откладывает ключевые моменты сюжета, предполагая, что будет снято продолжение». Питер Брэдшоу из Guardian писал, что «„Прометей“ более грандиозный, продуманный, но менее интересный, чем „Чужой“, и ему не хватало главного финального действия». Ян Натан из журнала Empire не был впечатлён Рапас, которую он назвал неубедительной, и сказал, что с «отсутствием интриги, потрёпанными персонажами, очень плохим сценарием, всё же потрясающие визуальные эффекты, мрачное безумие не могут помешать „Прометей“ почувствовать себя бедным родственником „Чужой“». В The Village Voice Ник Пинкертон писал, что фильм «склонен к поверхностной тяжеловесности и Скотт всё ещё может имитировать внешний вид эпического, благородного, важного фильма, но внешний вид — это всё». Он раскритиковал Рапас и Маршалл-Грин за то, что они не смогли вызвать интерес к их персонажам, но добавил: «Здесь есть несколько декораций, которые найдут почётное место среди поклонников телесного ужаса, всего липкого и вязкого».

Джеймс Кэмерон сказал: «Мне понравился „Прометей“. Я думаю, что он великолепен. Я думаю, что Ридли Скотт вернулся в научную фантастику с энтузиазмом, с великолепно поставленной, красивой картинкой, отличными 3D сценами природы. Могло быть несколько вещей, которые я сделал бы по-другому, но дело не в этом — это можно сказать о любом фильме». Однако, несмотря на его похвалу, он также сказал, что, по его мнению, в фильме «нечто не складывается логически».