В 1860 году от скарлатины скончался первенец Хаксли — Ноэль. Семья, стремясь свести к минимуму болезненные воспоминания, переехала в мае 1861 года в новый дом в лондонском районе Эбби-Плейс. В ходе гражданской войны в США Хаксли был одним из открытых сторонников аболиционизма, несмотря на то, что его зять служил полевым хирургом в армии конфедератов. В своих лекциях он опровергал расистские теории, обосновывавшие рабовладение особенностями анатомии африканцев. Тексты этих лекций вышли отдельной книгой в 1864 году; в том же году вышел в свет идейно связанный с ними «Атлас сравнительной остеологии» с иллюстрациями Б. У. Хокинса. Хаксли последовательно выступал против теории о том, что человеческие расы представляют собой отдельные биологические виды, хотя и готов был признать их продолжительными внутривидовыми модификациями.

В 1862 году ко многочисленным должностям Хаксли добавилась Хантеровская профессорская кафедра в Королевской коллегии хирургов, которую он занимал до 1869 года. Также в 1862 году он был введён в состав Королевской комиссии по рыболовецким промыслам. В 1866 году Хаксли стал Фуллеровским профессором этнологии в Королевском институте, занимая эту кафедру до 1869 года. Многочисленные обязанности заставляли учёного много времени проводить в разъездах, редко появляясь дома. Несмотря на это, финансовое положение его семьи оставалось шатким. Когда в 1863 году умер от туберкулёза его брат Джордж, Томасу пришлось продать свою Королевскую медаль, чтобы расплатиться с его долгами. Он также поддерживал финансово сестру Эллен и двоих детей ещё одного брата, Джеймса, которым практически заменил отца и обеспечил получение хорошего образования. Его собственная семья также продолжала расти — в период между 1862 и 1866 годами количество детей в ней достигло семи.

Начиная с 1866 года Хаксли вместе с Фредериком Фарраром вёл кампанию за модернизацию учебной программы публичных школ. Помимо собственной ценности научного прогресса, в его глазах это было обусловлено необходимостью сохранять конкурентоспособность британской промышленности на фоне стремительного развития производства в Германии. Он сам уже в 1866 году издал школьный учебник физиологии, а в 1869 году разработал школьный курс наук о Земле, в 1877 году изданный в виде учебника под названием «Физиография». В том же году был издан начатый Хаксли ещё за 20 лет до этого «Справочник по анатомии беспозвоночных». В 1880 году вышел подготовленный Хаксли учебник «Введение в естественные науки». Прочитанный им в 1871 году в Южно-Кенсингтонском музее летний курс биологии заложил основы современного школьного преподавания этой науки; его развитием стал выпущенный Хаксли в 1875 году совместно с Г. Н. Мартином учебник «Курс практического преподавания элементарной биологии». Пропагандировал также преподавание в школах современной литературы, которой отдавал предпочтение перед классической с утилитарной точки зрения. С 1870 по 1875 год Хаксли входил в Королевскую комиссию по преподаванию научных дисциплин, которую возглавлял герцог Девонширский, а в 1875—1876 годах — в Королевскую комиссию по вивисекции. В 1874 году он помог Софии Джекс-Блейк основать Лондонскую женскую медицинскую школу. С 1879 по 1878 год входил в совет попечителей Итонского колледжа. В 1884 году участвовал как консультант в создании Института Сити и гильдий Лондона — центрального технического учебного заведения страны.